Vào năm 1955, Ngô Đình Cẩn tìm được xác của Ngô Đình Khôi tại huyện Phong Điền, Thừa Thiên Huế, mộ có xác của Phạm Quỳnh. Tìm được xác của anh, anh em nhà họ Ngô đã làm lễ tang cho Ngô Đình Khôi.

Theo Đỗ Mậu, một cựu thiếu tướng phục vụ dưới chế độ VNCH miền Nam Việt Nam:Đối với dân tộc và lịch sử thì ông Ngô Đình Khôi chỉ là một cựu quan lại tay sai của chế độ bảo hộ và triều đình mục nát, nhưng anh em nhà họ Ngô lại bắt nhân dân coi anh em ruột mình như là một nhà ái quốc đã hy sinh cho đất nước nên đã cử hành tang lễ cho ông Khôi như lễ quốc táng của một vị anh hùng. Cá nhân Tổng thống và gia tộc Tổng thống bỗng trở thành một trong quan niệm phong kiến "một người làm quan, cả họ được nhờ”, và gia tộc Tổng thống và quốc gia dân tộc bỗng trở thành một trong quan niệm phản dân chủ "lãnh đạo là do Thiên Mệnh trao quyền".[8]

Ông Ngô Đình Khôi tuy chỉ là thứ tham quan ô lại thời thực dân phong kiến bị Việt minh lên án phản quốc và đã được ông Diệm làm lễ quốc táng, thế mà anh em ông Diệm vẫn chưa hài lòng còn muốn tôn vinh anh mình lên hàng danh nhân vĩ đại của lịch sử. Họ lấy tên của ông Khôi đặt cho con đường lớn nối liền thủ đô Sài gòn với phi trường quốc tế Tân Sơn Nhất. Ngoài ra anh em họ còn muốn đổi tên trường trung học Khải Định Huế thành trường Ngô Đình Khả. Thật ra việc xoá bỏ tên Khải Định là một việc làm hữu lý vì Khải Định là một vị vua Việt gian, nhưng xoá bỏ tên của Khải Định mà lại thay vào tên của Ngô Đình Khả, một vị quan lại của Pháp, thì quả là một việc làm khinh thị nhân dân.[8]